Installr-Package für die R-Entwicklungsumgebung R, RTools, Packages und RStudio aktuell halten

Autor / Redakteur: Thomas Joos / Stephan Augsten

Um die Programmiersprache R, die Pakete und RStudio aktuell zu halten, hilft das Package „installr“. Mit diesem lassen sich installierte Komponenten in der Konsole aktualisieren.

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Mit RTools ist es möglich, Packages aus Quellen zu installieren und selbst zu erstellen.
Mit RTools ist es möglich, Packages aus Quellen zu installieren und selbst zu erstellen.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

Um mit R zu arbeiten, nutzen viele Entwickler RStudio und verwenden Erweiterungen in Form von „Packages“. Diese Komponenten sollten aktuell gehalten werden, genauso wie die Programmiersprache selbst. Auch die Tools zum Erstellen eigener Packages sollten auf dem Rechner vorhanden sein und regelmäßig aktualisiert werden.

RTools ermöglichen also das Erstellen eigener Pakete und die Installation von Source-Packages. Wir zeigen nachfolgend, wie die Komponenten in der Konsole überprüft und aktualisiert werden können. Dabei gehen wir auf R, RTools, RStudio und die verbundenen Packages ein.

RTools – Eigene Packages mit R erstellen

Mit RTools ist es möglich, Packages aus Quellen zu installieren und selbst zu erstellen.
Mit RTools ist es möglich, Packages aus Quellen zu installieren und selbst zu erstellen.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

Für die Arbeit mit Packages ist es sinnvoll, dass die RTools installiert werden. Mit RTools können eigene Packages erstellt werden. Auch die Installation von Packages aus Quellen ist mit RTools möglich.

Damit aus RStudio heraus auf die Tools des RTools-Paketes zugegriffen werden kann, sollten die Befehle in dem Installationsverzeichnis von RTools zum Pfad in Windows hinzugefügt werden. Dazu empfehlen die Entwickler, eine Textdatei „ .Renviron“ mit dem Inhalt…

PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"

… im Dokumentverzeichnis zu erstellen. Die Eintragung kann auch direkt in R und RStudio mit dem folgenden Befehl vorgenommen werden:

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

Nach dem Neustart von R und dem RStudio lässt sich mit dem folgenden Befehl überprüfen, ob der Pfad richtig eingetragen ist:

Sys.which("make")

Hier wird der Pfad zur Datei „make.exe“ angezeigt. Ob die Tools funktionieren, kann überprüft werden, indem ein Paket aus einer Source installiert werden kann:

install.packages("jsonlite", type = "source")

Installr für Aktualisierungen nutzen

Mit dem Package „installr“ lassen sich R und die Packages innerhalb von RStudio aktualisieren.
Mit dem Package „installr“ lassen sich R und die Packages innerhalb von RStudio aktualisieren.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

Um R, Packages und RStudio aktuell zu halten, wird das Package „installr“ genutzt. Zwar lassen sich die Vorgänge auch manuell anstoßen allerdings bietet „installr“ den Vorteil, dass in einem Vorgang R aktualisiert und alle Packages in die neue Version übernommen werden können. Die Aktualisierung der Packages kann ebenfalls über diesen Weg vorgenommen werden. Alle Schritte können einzeln bestätigt werden, sodass keine unerwünschten Aktionen durchgeführt werden.

Das notwendige installr-Paket wird mit …

install.packages("installr")

… in RStudio integriert und anschließend mit …

library(installr)

… aktiviert. Nach der Installation kann die Überprüfung der installierten R-Version angezeigt werden mittels:

updateR()

Im Fenster ist anschließend die installierte und die neuste Version von R zu sehen. Auf Anforderung kann hier die Informations-Seite der neuen R-Version angezeigt und R auch gleich aktualisiert werden. Wenn R aktuell ist, zeigt die Konsole den Wert „FALSE“ an.

Vor der Aktualisierung von R zeigt das RStudio die Meldung an, dass die Aktualisierung besser in RGUi und nicht im RStudio durchgeführt werden sollen. Diese Meldung kann mit „Nein“ bestätigt werden. Danach startet der Installationsassistent und installiert die neue R-Version.

Die erfolgreiche Aktualisierung lässt sich wiederum mit updateR() überprüfen. Welche Version das RStudio in Zukunft verwenden soll, wird bei „Tools\Global Options“ gesteuert. Hier muss manuell die neue Version ausgewählt werden, der Vorgang wird nicht automatisch vorgenommen.

Packages in neue R-Version übernehmen und aktualisieren

Aktualisieren von Packages in einer neuen installierten R-Version.
Aktualisieren von Packages in einer neuen installierten R-Version.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

Im Rahmen der Aktualisierung von R über „installr“ erscheint eine Meldung, ob die Packages aus der alten Version in die neue Version übernommen werden sollen. Diese Meldung wird mit „Ja“ bestätigt. Anschließend kann ausgewählt werden, ob die Packages in der alten Version erhalten oder gelöscht werden sollen.

Bei diesem Vorgang findet keine Aktualisierung der PaketePackages statt, hier werden lediglich nur die Daten übernommen, verbleiben auf Anforderung aber auch in der alten Version verfügbar.

Generell ist es sinnvoll die Packages eine Zeitlang zu behalten, um sicherzustellen, dass es nicht zu Problemen kommt. Nach der Übernahme der Packages können über den Assistenten die Packages aktualisiert werden.

Im Rahmen der Aktualisierung kann auch die RGui der neuen Version aufgerufen werden. Generell sollte nach einiger Zeit die alte R-Version deinstalliert werden. Nach einem Neustart von R sollte die neue Version als eingesetzte Version in RStudio angezeigt werden, wenn die Version in den Optionen ausgewählt wurde.

In der Konsole können die installierten Packages mit …

installed.packages()

… angezeigt werden. Veraltete Packages zeigt die Console mit:

old.packagesupdate.packages

… wiederum aktualisiert Pakete, die aus bekannten Quellen kommen, wenn neue Versionen vorhanden sind. Um die Aktualisierung ohne Benutzerinteraktion durchführen zu können, hängt man daran folgende die Aufforderung „ask = FALSE“ in Klammern an:

update.packages(ask = FALSE)

Soll nur ein eigenes Package aktualisiert werden, erfolgt das mit „install.packages“ zum Beispiel:

install.packages("plotly")

RStudio aktualisieren

Aktualisieren von RStudio.
Aktualisieren von RStudio.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

RStudio lässt sich wahlweise über den „installr“ oder über den Menüpunkt „Help\Check for Updates“ aktualisieren. Mit der Funktion „install.Rstudio()“ wird RStudio über die Konsole aktualisiert. Allerdings überprüft die Funktion nicht, ob die Version bereits aktuell ist, sondern installiert immer die neue Version über die vorhandene Version.

Sofern noch nicht auf dem Rechner vorhanden, wird auch die Programmiersprache R selbst nachinstalliert.
Sofern noch nicht auf dem Rechner vorhanden, wird auch die Programmiersprache R selbst nachinstalliert.
(Bild: Joos / RStudio PBC)

Wer „installr“ nicht nutzen will, sondern besser manuell seine Umgebung aktualisieren will, muss die einzelnen Schritte manuell durchführen. Dazu wird zuerst die neueste Version von R bei den Entwicklern heruntergeladen und installiert. Die Packages können manuell aus dem alten R-Verzeichnis in das neue Verzeichnis kopiert werden. Die Packages befinden sich im Verzeichnis „library“.

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Über den Autor

 Thomas Joos

Thomas Joos

Freiberuflicher Autor und Journalist